圖1.ChIP實驗原理圖

ChIP-Seq技術是將ChIP與第二代測序技術相結合，能夠高效地在全基因組范圍內檢測與組蛋白、轉錄因子、輔助因子等互作的DNA區(qū)段。

首先通過染色質免疫共沉淀技術（ChIP）特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段，并對其進行純化與文庫構建；然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序。通過將獲得的數百萬條序列標簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。

圖2.ChIP-seq實驗流程圖

交聯通常利用甲醛來交聯，甲醛交聯DNA-蛋白質連接是可逆的。但甲醛通常不能有效地使未與DNA直接結合的蛋白質交聯。例如，轉錄因子或輔因子先通過蛋白質-蛋白質相互作用再與DNA相互作用，而甲醛不能很好地使他們穩(wěn)定交聯。對于這樣更復雜的交聯或動態(tài)相互作用的復合物交聯，應考慮使用其他交聯劑來有效地穩(wěn)定蛋白質。Diagenode的ChIPCross-link Gold與甲醛結合使用，是進行錄因子或輔因子這種DNA-蛋白質相互作用的最佳選擇。

染色質制備是ChIP實驗成功的中的關鍵。染色質制備的每個步驟（樣本起始量，交聯，細胞裂解、染色質片段化）都需要進行優(yōu)化，以獲得適合ChIP實驗的染色質樣本。高質量的染色質樣本具有兩個特征：合適的片段大小和易于識別的ChIP表位。

Diagenode提供染色質制備解決方案，Chromatin EasyShear試劑盒與Bioruptor超聲破碎儀結合使用，可以有效裂解細胞并對染色質進行片段化，同時使表位易于被抗體識別，這對于高效完成染色質免疫沉淀至關重要。每個Chromatin EasyShear試劑盒都會根據特定實驗需求提供優(yōu)化的試劑和經過充分驗證的實驗方案。

Chromatin EasyShear Kit技術特點：

• 經Bioruptor驗證的高度優(yōu)化的染色質制備方案；

• 推薦用于在ChIP之前優(yōu)化新細胞系/新樣品類型的染色質片段化；

• 在ChIP之前制備染色質的理想選擇；

• 試劑盒已通過ChIP-seq驗證，證實可獲得高質量的的染色質；

染色質制備是ChIP分析的第一步。我們?yōu)镃hIP-seq實驗提供完整和優(yōu)化的解決方案，其中包括用于染色質制備的所有緩沖液。為了獲得最佳結果，請選擇所需的ChIP試劑盒，然后選擇相應的Chromatin EasyShear試劑盒（以優(yōu)化染色質片段化）。Chromatin EasyShear試劑盒可以獨立于Diagenode的ChIP試劑盒使用，用于在ChIP實驗之前進行染色質制備。

下期精彩預告：

【ChIP-seq】免疫沉淀-ChIP/ChIP-seq級別抗體選擇

Diagenode公司2003年成立于比利時，是世界上生產表觀遺傳學產品的知名公司。是表觀遺傳學及二代、三代測序樣本前處理專家，表觀遺傳學、生物樣本制備和診斷、完整表觀遺傳學解決方案的領先供應商。